Свт. Феодосий – первый из десяти святых (1,2), прославленных в годы царствования Императора Николая II (это больше чем за весь Синодальный период истории Русской Православной Церкви).
На всеподданнейшей записке обер-прокурора Св. Синода, при которой был представлен на Высочайшее Государя Императора благо-воззрение всеподданнейший доклад Св. Синода о прославлении святителя Феодосия, Царь-Мученик 13/26 апреля 1896 года собственноручно начертал: «Согласен. Прочёл с умилением».

5/18 сентября в пещере Борисоглебского собора в Чернигове было совершено переоблачение мощей свт. Феодосия в новое архиерейское облачение из белой парчи с вышитыми золотом цветами.
В течение трех дней в храмах Чернигова совершались заупокойные богослужения с упоминанием имени Новопрославляемого.

На всеношном бдении накануне 9/22 сентября на литии мощи были переложены в новый кипарисовый гроб и при громадном стечении народа крестным ходом торжественно перенесены в Спасо-Преображенский собор и поставлены посередине.
Во время полиелея, перед пением величания гроб открыли и все совершили земное поклонение Святителю.
Всю ночь богомольцы (их было до полутора тысяч) прикладывались к святым мощам и принимали от священника помазание благословенным елеем.
После совершения Литургии, молебна и крестного хода вокруг собора мощи были вложены в специально приготовленную раку.

В Московском Успенском соборе 9/22 сентября и 5/18 февраля (преставление Святителя) было принято совершать полиелейную службу.
По Высочайшему повелению от 2 июня 1900 года в Чернигове был установлен ежегодный гражданский праздник, наряду с церковным, 9 сентября – в день годовщины открытия нетленных мощей святителя Феодосия.

Мощи святителя Феодосия уже вскоре после его кончины, стали почитаться ''целебными''.
Ряд чудесных проявлений благодати Божией от св. мощей открылся исцелением от горячки преемника его по Черниговской кафедре, архиепископа Иоанна Максимовича, впоследствии митрополита Тобольского, который составил в честь святителя Феодосия ''похвалу'' и свидетельствовал в ней, что мощи его нетленны.
Жил святитель Феодосий после патриарха Никона и был ставленником патриарха Адриана, когда, по толкованию старообрядцев, Церковь Православная утратила дары благодати.
Но как же епископ такой Церкви мог получить нетление и дар чудотворений?
Или Церковь, к которой принадлежал он, истинна и спасительна, и тогда старообрядчество есть заблуждение, или же святитель Феодосий не был святой, и тогда мощи его были бы тленны.
Взволнованные этим сомнением старообрядцы прислали в Чернигов своих уполномоченных с целью убедиться в действительности нетления тела св. Феодосия. Во время богослужения в Спасо-Преображенском соборе они были свидетелями чуда исцеления расслабленного при мощах святителя.
После совершения литургии и молебна им было разрешено лично удостовериться в необоснованности своих сомнений: в их присутствии были сняты покровы и разоблачены руки святителя.
Воочию убедились уполномоченные в нетленности св. мощей, ни один из них не мог удержаться от слёз раскаяния и радости.
С благоговением приложились они к мощам святителя Феодосия и тут же дали обещание обратиться в православие и привести многих из своих собратий к Православной вере.