Игумения Смарагда (Онищенко) родилась 2 (15) января 1858 в селе Марковцы современного Бобровицкого района.
С семи лет, лишившись родителей, она проживала в женском Введенском монастыре Нежина.
В 18 лет матушка приняла постриг с именем Смарагда.
После смерти игумении Анны в 1914 г. стала настоятельницей этой обители.
На то время в монастыре подвизалось 200 монахинь.
В 1922 г. во время большевистской кампании по "изъятию церковных ценностей" игумения Смарагда была осуждена на 3 года лишения свободы.
После закрытия в 1927 году монастыря 90 насельниц во главе с игуменией перевели в Козелецкий Свято-Георгиевский монастырь.
В 1930 году матушка была вторично арестована «за антисоветскую агитацию».
Игумения Смарагда три года содержалась под стражей в холодной и сырой камере Нежинской тюрьмы, что окончательно подорвало её здоровье. Поскольку предварительным следствием состав преступления не был установлен, матушку освободили, но вскоре, в 1935 году, игумения Смарагда умерла и была похоронена в Чернигове.
Реабилитирована матушка была в 1998 г.
16 ноября 2011 по благословению Преосвященнейшего епископа Нежинского и Прилуцкого Иринея состоялось перезахоронение останков бывшей настоятельницы Нежинского Введенского женского монастыря игумении Смарагды с городского кладбища Чернигова «Яловщина» на территорию Введенского монастыря, где она и желала быть похороненой.
На заседании Священного Синода Украинской Православной Церкви от 8 мая 2012 г. под председательством Блаженнейшего Митрополита Киевского и всея Украины Владимира (журнал N 23), рассмотрев житие, труды, подвиги, чудеса и учитывая народное почитание подвижницы благочестия Смарагды, постановили: благословить для местного прославления и почитания игумению Смарагду (Онищенко), а останки её считать святыми мощами.
Память святой преподобной Смарагды Нежинской совершать в день её прославления.